在螺杆空压机的运行过程中，可能会伴随着各种故障问题的发生。空压机很多故障问题的发生都是可以避免的，就如排气温度过高，螺杆空压机的系统中有一保护功能，在空压机的排气温度过高时，会发生预警信号，提醒用户。

螺杆空压机系统所设定的最高排气温度为110℃，若超过则系统自行切断电源。一般排气温度过高的原因有很多，但最常见的原因是油冷却器失效。风冷式油冷却器若散热翅片被灰尘堵塞，冷风无法自由通过冷却器则润滑油会逐渐上升而导致高温停机。因此每隔一段时间即须利用压力空气清除散热翅片上的灰尘。若翅片上堵塞物无法吹干净，最好用清洁液或溶剂清洗。

水冷式空压机一般则因冷却铜管积垢堵塞导致传热效率降低，而致高温跳闸。空压机设计最高环境温度为45℃，若环境温度越高，则排气温度越高，因此选择一个环境温度低、且通风良好的场所放置空压机是必要的。

当智能控制器检测到温度超过设定值时，即自动切断电源。此时无法再次启动系统，除非重新设定一次。为尽量避免超温停机，空压机系统设置了预警装置。当排气温度达到105℃时，控制器会发出预警信号来提醒操作人员注意。